1994年以来,逐步开展了分子模拟中的计算机化学方法研究。开展了用于分子间相互作用的优化算法研究并建立了有关计算方法和计算程序,对主-客体系、原子簇和分子簇的三维结构优化等进行了研究,为分子模拟研究提供了有效手段。“环糊精包结行为的计算机模拟研究”获得了2000年国家自然科学基金的资助。有关论文发表在Journal of Computational Chemistry, Chemical Physics Letters等杂志上。与法国国家科研中心进行了“凝血酶受体的计算机模拟”、“遗传算法在生物分子构象分析中应用”、“受体模型及其分子识别的理论研究”等的合作研究。