东南大学—红太阳智慧工业研究中心是隶属于合作双方的非独立法人机构，业务分别挂靠东南大学化学化工学院、仪器科学与工程学院和红太阳集团下属子公司南京红太阳生物化学有限责任公司、南京华洲药业有限公司、安徽红太阳生物化学有限公司、南京世界村云数据产业有限公司，受东南大学和红太阳集团有限公司双重领导。

    中心将充分发挥东南大学在学科、人才和技术方面的优势和红太阳集团有限公司的市场信息、资金及科技转化能力方面的优势，首期设置绿色农药联合实验室和物联网大数据联合实验室，主要开展在绿色农药及物联网大数据方面的创新研究，在新农药、物联网大数据等方面产生国际领先的创新成果。