| 简介： |
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DNA杂交机理是生物学领域一个广受关注的基础性问题，其成核细节尚不为人所知。Ouldridge等最近开发了一个新的粗粒化DNA模型—oxDNA，合理的拟合了DNA的氢键相互作用和堆叠相互作用，能够同时表现DNA单链的柔性和双链的刚性。到目前为止，该模型已经成功的应用于一系列的DNA结构以及DNA纳米器件的模拟，如DNA镊子和DNA行走机器人。我们以该模型为基础，通过引入赝动力学（metadynamics）和过渡路径采样（transitionpathsampling）方法，研究了短链DNA的杂交机理和成核机理。研究结果表明，只有单一重复序列才采用“滑行式（slithering）”的杂交方式，不遵循特定的路径；而对于一般随机序列，其采用“拉链式（zippering）”的杂交方式，有较为严格的形成路径。 |
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